エコマーク事業は公益財団法人日本環境協会が実施し、その事務は同協会のエコマーク事務局（以下「事務局」）が担当します。エコマーク事業の適正な運営を図るため、公益財団法人日本環境協会に諮問機関として、「運営委員会」、「企画戦略委員会」、「基準審議委員会」および「審査委員会」を置きます。また、基準案策定のための「商品分野別基準策定委員会（以下「基準策定委員会」）」をその都度設けます。
事業者関係団体、消費者関係団体、環境保全に関する学識者および関係行政機関などの各界の有識者によって構成され、エコマーク事業の予算、事業計画、事業実施要領の制定・見直し、各委員会のガイドラインおよび規定などの制定・見直し、その他エコマーク事業の運営に関する事項を審議します。
環境保全、環境教育、環境経済、グリーン購入などに関する学識者、関係行政機関、消費者問題専門家などの有識者、事務局によって構成され、商品類型の選定および見直しに関する事項を審議します。また、エコマークの普及・促進戦略の立案などを行います。
環境保全、LCA、資源循環、化学物質、生物多様性などに関する学識者、関係行政機関、消費者問題専門家などの有識者によって構成され、エコマーク商品類型認定基準の策定にあたり、専門的見地から認定基準案を精査・検証します。
選定された商品類型に関する事業者、消費者および中立機関の専門家や有識者によって構成され、環境の観点から商品のライフサイクル全体にわたる考慮をした上で、認定基準案を策定します。
環境負荷の評価・低減対策などに関する中立機関の専門家や有識者によって構成され、エコマーク商品の認定に関する審議を行います。
